En los archivos de San Millán y Valvanera principalmente, se conservan muchas escrituras de donaciones y obras pías que hicieron algunos fieles naturales de Villoria y herederos en ella.
En el Archivo Histórico Provincia de Burgos se encuentran miles de documentos, la mayoría a partir del siglo XV, que nos hablan de pleitos y heredades entre vecinos y entre pueblos. Existen muchos más repartidos por otros archivos, especialmente en Valladolid.
A continuación se describen por orden cronológico algunos de los documentos hallados, donde se menciona el nombre de Villoria.
Año 1028 – Doña Jimena de Soto se entrega al monasterio de San Miguel de Pedroso con todas sus heredades, entre las cuales cita las que posee en “Villa Oria”. En otra redacción del mismo documento se lee: en “Villoria”.
Año 1043 – El rey García de Nájera, rey de Pamplona concede al monasterio de San Millán la villa de Leciñana, en los confines de “Villoria”. (Este villoria no hace referencia a Viloria de Rioja)
Año 1079 – El infante Ramiro da a San Martin el molino de “Villoria” una vez cada quince días.
Año 1087 – La noble Orodulce y su hijo se hacen donados de San Millán con todo cuanto poseen en San Pedro que está arriba de “Villa Oria”, Quintanilla, Anguta, Montañana de Yuso y Pamplona.
Año 1088 – Domingo de Viloria dona a don Iñigo, su maestro, abad de Valvanera sus heredades en Villoria por remedio de su alma, la de su madre Orodulce y la de su padre Ximeno García.
Año 1089 – García Galíndez de Villoria y sus hermanas venden a don Nuño Garcés y a su mujer Anderazo un campo en Traslombo.
Año 1094 – Doña Juliana Fortúnez, coincidiendo en su visita al monasterio de san Millán de la Cogolla con Alfonso VI y en su presencia, dona sus posesiones al monasterio, entre las cuales cita las que posee en Billoria, reservándose el usufructo.
Año 1107 – Alvar Díaz, hijo del conde Diego Alvarez de Oca y Teresa Ordóñez, hermana del conde García Ordóñez, gran rival del Cid, con el fin de transformar el abaciólogo de San Cristóbal de Ibeas en monasterio, lo dota de munificiencia regia y el 27 de Diciembre del mismo año amplían su patrimonio con iglesias y otros bienes en varias localidades, encontrándose parte de estos en Villoria.
Año 1146 – Nuño García ofrece a San Millán su casa en San Pedro de Villoria por remedio de su alma.
Año 1180 – Urraca Garcés de “Villa Oria” ofrece a San Millán un solar poblado en Fresneña. Igual ofrecimiento hace su hermano Lope Garcés.
Otros Documentos
Existen cientos de documentos del siglo XII y posteriores donde se ven implicados vecinos de Viloria o el concejo de vecinos, con otros vecinos o concejos de pueblos próximos, incluidos los de Grañón y Santo Domingo de la Calzada, San Pedro del Monte, Castil Delgado, La Granja de Buradón, Cerezo, etc. relativos a pleitos o juicios.
Destaca entre ellos el que enfrentó al concejo de vecinos de Viloria con D.Martín de Vergara, vecino del mismo lugar.
“Reunidos a “campana tañida” como era costumbre en casos semejantes, nombraron procuradores que los representaran en la Chancillería de Valladolid ante la negativa de Martín de Vergara de pagar cierta cantidad de maravedíes a que estaba obligado como impuesto a sus bienes”. Este juicio o pleito comenzó en el año 1509 y se dio por finalizado el día 1 de marzo del año 1523.
Como documentos importantes del mismo, destacan dos cartas de la Reina Dña. Juana dirigidas a Martín de Vergara comunicándole la solicitud de los vecinos de Viloria e instándole a presentar sus alegaciones.
Estas cartas, registradas y con sello de cera, fueron enviadas a Viloria el 17 de septiembre de 1515 la primera y el 21 de enero de 1516 la siguiente.