Origen del nombre
De acuerdo con la documentación existente que data del siglo XI, el primer nombre de esta localidad fue “Villa Oria” que se alternaba en los mismo documentos con el de “Villoria”.
Fue el nombre de Villoria el que permaneció hasta comienzos del siglo XVII donde se utilizan tanto Villoria como Viloria, siendo este último el que tomaría el apellido “de Rioja” por su cercanía a esta comarca, y así pasar a llamarse como en la actualidad.
El nombre de “Viloria” es muy frecuente dentro de España, así lo encontramos además del expresado, en León, Valladolid, Zamora, Navarra, Cáceres, Álava y Segovia y otros que ya han desaparecido. También hay varias localidades en la actualidad con el nombre de Villoria.
En este paraje, en el siglo XI, estaba ubicada una localidad llamada “Villoria”. Esto implica que algunos documentos encontrados en el monasterio de San Millán y en el de Valvanera, atribuidos por algunos escritores a Viloria de Rioja, sean erróneos por pertenecer a este “Villoria”.
Excepto el tiempo que fue anexionada al Reino de Navarra, Viloria ha pertenecido a Burgos en el terreno político y a la diócesis de Calahorra – La Calzada en el aspecto religioso durante varios siglos, si bien en la actualidad depende para ambos casos de la provincia de Burgos.
Fundación de Viloria
Aunque la villa de Viloria no puede blasonar de población numerosa, ni alegar por testigos de su antigüedad, estatuas o edificios por donde conste haberse fundado antes de la pérdida general de España, tiene otras memorias y algunas excelencias que merecen se detenga la pluma a referirlas.
Comentaban sus moradores que la villa se pobló en el principio de la restauración del reino y esto lo aseguran diferentes rótulos de sepulcros que se descubrieron el año 1620 cuando los señores de la villa fabricaron tribuna en la iglesia, en los cuales se leía cómo eran sepulturas de sacerdotes cristianos.
Reconquista y repoblación
No se sabe exactamente cuándo quedaron bajo dominio árabe estas tierras, pero los invasores musulmanes cayeron en la cuenta de su importancia por la riqueza del suelo y porque las cruzaba la calzada romana. Por ello ocuparon tenazmente los puntos neurálgicos que se enlazan desde el desfiladero de Pancorbo, por las crestas de los Obarenes y el fuerte de Cellórigo hasta las Conchas de Haro y en el centro de la comarca fortificaron los castillos de Ibrillos y de Grañón.
Muchos nativos habían huido y los que se quedaron, campesinos y pastores en su mayoría, sufrieron a menudo actos de rapiña por parte de los invasores.
A principios de siglo IX se inicia la repoblación en la provincia de Burgos, fenómeno que prosigue a medida que el invasor musulmán va perdiendo terreno por estos parajes.
Las guerras entre cristianos y musulmanes, con la derrota de estos últimos, permite que los campesinos y pastores emigrados por la persecución vuelvan y reorganicen granjas y poblados a orillas del Oja y el Tirón, especialmente cuando pasan a manos de los cristianos las plazas de Pancorbo y Cellórigo en el 870, las de Ibrillos y Oca en el 875 y la de Grañón en el año 899.
Detrás de los guerreros acuden los obispos, clérigos, hombres libres y siervos. Se erigen monasterios y se fundan parroquias. A la sombra de estas pronto se construirán viviendas, surgiendo paulatinamente aldeas, pueblos, villas y ciudades y poco a poco se fue asentando su población.
Villoria, la actual Viloria de Rioja, en esta época tenía un pequeño alfoz llamado Olmillos, ubicado en el lugar que aun conserva su nombre.